Дон-Хуан Австрийский с испанской эскадрой прибыл, наконец, 24 августа в Мессину, где Вениеро и Колонна давно его ожидали. Вскоре отношения между честолюбивым и вспыльчивым главнокомандующим, опыт которого в морском деле был еще очень, невелик, и начальниками его эскадр сделались очень недружелюбными, в особенности отношения между ним и престарелым Вениеро. Между испанцами и drawingstore.ru венецианцами издавна существовала взаимная зависть. Венецианцы нуждались в помощи, но вместе с тем смотрели очень недружелюбно на появление значительных чужеземных морских сил в восточной части Средиземного моря. С другой стороны, советники дон-Хуана были исполнены недоверия к венецианцам, вследствие их ненадежности в политических делах. К тому же венецианские корабли были недостаточно снабжены солдатами и матросами, а когда дон-Хуан приказал назначить 4000 испанских и неаполитанских солдат на венецианские корабли, рассчитывая таким образом, вероятно, гарантировать исполнение своих приказаний венецианскими кораблями,  – то это возбудило величайшее неудовольствие и подало повод к резким ссорам, даже к кровопролитию, и к серьезным разногласиям между начальниками.

Все это вызывало проволочки в ходе дела; кроме того, за каждым шагом дон-Хуана стали следить и обо всем тайно доносить королю, что, естественно, отрицательно влияло на его отношение к делу; Филипп II давал дон-Хуану мелочные, связывавшие его инструкции, часто выражал ему свое неудовольствие и требовал, чтобы он действовал в полном согласии с начальниками свих эскадр. Такие ограничения власти главнокомандующего нельзя не считать ошибочными; в особенности необходимо доверие к главнокомандующему в тех случаях, когда флот состоит из кораблей различных наций. Впрочем, Филипп II вообще не отличался доверчивостью и на всех смотрел подозрительно.

Вследствие всего этого флот вышел из Мессины только 16 сентября, в составе четырех эскадр. Флот двинулся небольшими дневными переходами через Тарент в Корфу, где часть его осталась, между тем как дон-Хуан с остальными кораблями 30 сентября стал на якорь на другой стороне пролива, у берегов Эпира, в защищенной бухте Гоменице.

Высланная на разведку галера принесла сюда известие о падении Фамагусты и об ужасной участи города и его коменданта Брагадино, которое привело всех в негодование. Отсюда флот отправился в Коринфский залив. 7 октября утром, в то время как флот обходил высокий (1400 м) остров Оксию, на востоке показался турецкий флот, и здесь, у западного угла Этолии, при входе в Коринфский залив, разыгралось сражение, получившее название от города Лепанто, находившегося в 30 морских милях оттуда; это было самое кровопролитное сражение из всех происходивших с самого начала нашего летоисчисления. Погода была хорошая, ясная, дул легкий ветер, утром на восток, а затем, с 10 часов – на запад; морской бриз был незначителен.

Флот союзников состоял из 205 кораблей, в том числе из шести венецианских галеасов; на судах было 20000 солдат, не считая матросов и гребцов, так что общая численность экипажей доходила вероятно до 80000 человек. Весь флот был выстроен развернутым фронтом в длинную линию, причем фланги несколько выдавались вперед. Левым флангом, примыкавшим к отмелям у берега и состоявшим из 63 галер, командовал венецианец Агостино Барбариго; правым флангом, выдававшимся в открытое море и состоявшим из 64 галер, командовал генуэзец Дориа. Дон-Хуан с 37 кораблями стоял в центре и имел при себе венецианцев Вениера и Колонну с их крупными флагманскими кораблями.

Такое построение соответствовало обычному боевому порядку, но в него были введены две особенности: